El final de la primera temporada de X-Men 97 dio a entender que la segunda temporada abordaría la trama de Age of Apocalypse. El creador de la serie, Beau DeMayo, comentó que esa idea fue descartada completamente por Disney.
Según algunos reportes, el creador de la serie fue despedido por abrir una cuenta de Only Fans y por enviar fotos inapropiadas a su equipo de trabajo. DeMayo dejó escrito el guion de la segunda temporada antes de abandonar Disney, pero parece ser que muchas de sus idead fueron descartadas.
La segunda temporada de X-Men 97 todavía no tiene fecha de estreno.
